2022年4月25日—5月21日课前答疑

本课程开始时间为2022年4月25日至5月21日

课前问答

如果运行最后()行代码没有出现错误，就说明安装完成了，对吧？

是的，有时会提示你加载其他需要调用的包。

我想请问这是怎么回事？

上面提示你已经安装了，不需要重新安装。记住，检查安装是否成功的唯一标准就是看一下

老师，我现在正在使用，以后切换到macOS会不会很困难？操作上会有很大差异吗？

这取决于每个人的习惯。 如果怕麻烦，可以去b站学习一下Mac电脑的常规操作。

我需要发布标有#的内容吗？

不需要

我自己尝试了WGCNA，可以吗？但是群公告中网站给出的代码运行正常。

::("")

只需单独运行这段代码即可

亲爱的老师们，请给我一些建议。 明天上课是不是最好准备两台设备，一台用于教学，一台用于电脑操作？

是的，如果实在不方便的话，一个也行。

我已经安装了R，是不是因为我先下载了R？ 这个顺序是固定的吗？

如有需要，请参阅Q&A文档

所有软件都必须安装在C盘吗？

R语言且必须安装在C盘，其他要求不要求

mac系统安装完后没有办法自动安装git。 怎么解决呢？

Mac不需要安装git

这和视频里的不一样。 我需要安装什么东西吗？

别担心，你从第一行开始跑。 单击运行。 注意窗口左下角的输出信息。 如果返回大于号且没有错误，则继续点击运行。

我需要注意这套提示吗？

在左下角窗口中运行此代码（'write org.R-.R force.LANG en_US.UTF-8'）

将使用哪个版本的 R 来解释本课程？

4个以上就可以了

这是否意味着已报告错误？

下面绿框里没有安装。

安装R包时出现错误。

您需要安装一个软件包 vctrs

装完之后，这个又出现了……

你的Mac需要安装一个软件，xcode。 安装完成后，重新启动计算机并重新安装R包。

安装后自动弹出此界面。 我需要点击这个安装按钮吗？

一切都会好起来的

老师，这部分需要登录吗？

稍后课堂上会讲到，安装就可以了。

哪种 SSH 客户端更好？ 我可以安装吗？

好吧，我用它来进行课堂演示，但你只需要习惯它即可。

安装r后，创建了两个快捷方式，一个32位，一个64位。 我们需要哪一个？

把这两个都关掉，只在界面上操作

我在视频中看到，第一次打开时需要安装git软件，但是我打开后并没有弹出窗口询问是否安装git。 我正在运行 Mac 计算机。

Mac 计算机不需要。 只赢

有些行返回加号

将光标置于窗口左下角，按ESC键，重新运行该行。单击运行，光标将自动跳转到新行。

我可以复习晚间课程吗？

是的，每次直播结束后，视频都会自动保存在钉钉群中，一年内随时可以查看。 它支持双倍速播放。

这次安装不成功是不是因为网速差，镜像地址没有开放？

也许，尝试另一个网络。 别太担心。 只要没有错误就安装成功了。 课程中，小杰老师也会重点讲解如何安装R包。 如果你现在遇到问题，到时候你会学得更好。 来吧~

老师，我运行这个的时候出错了

查看错误报告。 它说这个没有安装。 找到安装命令并运行它。

课堂问答

请问为什么order函数order(x,y)返回的结果是这样的？

如果代码错误，则无需了解其运行逻辑。 既然是错的，我们为什么要理解呢？ 你就是“如果代码不报错，并不代表它真的是正确的”的真实写照。 你不知道自己要做什么，也不知道结果意味着什么。 仅仅因为没有错误，你就认为代码是正确的。 这就是思考。 错误就哟。

我在写笔记时使用了语法，但没有生成代码框。 语雀笔记中的代码框是如何创建的？

您可以点击工具栏最左边的+号，或者在英文输入符号下按三下```，输入语言字符（如R），按回车键即可输出。

df1 代表什么？

数据帧 数据帧1是命名一个数据帧df

快来帮帮我吧，这是怎么回事？

从 c 中的数字中删除双引号，然后再次尝试运行它。

不好意思，我想问一下这行代码怎么理解？

删除第一列

有谁知道怎么看这张图吗？

首先看p值，然后在有意义的基础上看R。 R代表相关程度，为负相关。 R的绝对值近似接近1，相关性越大。 如果绝对值<0.2，则认为不相关，如果绝对值>0.8，则认为有强相关。 R 为正值表示正相关，R 为负值表示负相关。

字符检测，如果需要同时查询多个字符，我在帮助文档中找到了以下内容(x2,c("e","h"))，但是这个似乎返回了与e或一致的逻辑值H; if 如果要返回匹配e和h的逻辑值，是否需要多个函数计算？

分别写两个，&

在富集分析结果的内容中，数值的分母仍然不明白。 “可以映射到数据库中的差异基因总数”是否可以理解为这个数据库中的差异基因总数固定为468个？ 如果不是，我们该如何理解这一点？

数据库中只有基因，没有差异基因。 只有你的实验设计的差异分析结果才能确定差异基因。 比如你有1000个差异基因，只有其中500个被纳入kegg数据库中，那么分母就是500，为什么分母不是1000呢？因为人类认知是有边界的，并不是所有的基因都被纳入kegg中。

这是昨天的课。 我再次下载了匹配的行并运行了几次。 和小杰老师的不一样。 我头疼。 有哪位聪明的朋友或者助教可以帮我解答一下这个问题吗？

理论上，你可以简单地将这个GPL更改为你的数据集的平台号，然后直接运行这一步。 如果多次尝试仍然不行，可能是因为注解包版本不同。

我想问一下，我的mac air的提示符是%而不是$。 这会影响吗？

不会，上课时会提供服务器进行操作，提示符为$。

老师，好像是要收费的，可以吗？

免费版本就足够了。 是的，一旦你习惯了，就几乎是一样的。

Linux教程会介绍一些参数和传递字符吗？常常要花很长时间才能理解

例如： cat |awk -F '\t' 'NR>1 {print $4}' |tr ';' '\n' |grep '_' >fq.url

会告诉一些。

请告诉我，这是一个表达矩阵，但这不是RNA的fpkm。 为什么ID是数字？

ID是不是数字并不重要，只要能匹配到，就是公司自己生产芯片的规定。

我分组使用处理前和处理后的样本，不管c3和c5，然后就出现了错误信息。 老师帮我检查了一下。

x里有字符串，y里有数值，所以没办法。 它是一种整数，不过没关系，只要ids$=as.(ids$)

我想问一下，RNA-seq有没有常用的检测方法？

软件有很多，第四周我会提到，不用担心。

我想请教一下我刚刚遇到的一个问题。 当我按行选择子集时，为什么结果会漏掉几行？例如，这个sham组明明有4个样本，但只取出了两个。

发生循环完成。需要使用两个、OR符号、竖线来连接

请问你在这里提取id的这个信息，为什么是它而不是其他的？ 有规定吗？ 这些名字是否代表了这个探针对应的信息？

单击 ids 即可了解其中的内容。 因为是基因名，后面我们会用到，所以我们可以提取出来。 否则，绘制火山图或热图。 您必须知道差异表达的内容。 这些都可以改善

请问，处理普通转录组的服务器最低配置是多少？

4核、16G内存、500G硬盘

一颗8核32G单电芯勉强可以吗？

足够的

这是从 Linux Basics.md 复制的。 有什么特殊的用例吗？

只用到一些命令，比如help cd，命令--help适合大多数情况，我们一般用这个就够了

这样理解 cut -d 正确吗？ 即以下字段中没有r吗？ r 从字符更改为分隔符。

是的，但是当您输出多列时，分隔符仍然会显示。

对于连续名称（例如 file1 file2 file3）的命令是什么？ 我在课堂上没有写下来。

文件{1..3}

他说动却又被执行了

您的文件* 匹配三个文件和一个名为 file 的文件夹。 文件无法移入其自身。 这就是那个提示的意义。 当然剩下的三个文件是可以移动的，所以就移动了。

老师，我把别人的.txt文件和我的进行了比较。 我的文件有问题，但我不知道这意味着什么。

您的文件已被处理，然后上传到服务器。 行尾换行符的编码格式发生了变化。

请问加载r包后如何退出？

q()

安装后找不到

包含其他软件，但不包含一个叫腾讯的软件。 比如你下载了一个叫腾讯的软件，里面并没有真正的叫腾讯的软件。 就是腾讯的微信或者QQ。

老师，我运行命令 conda -y -c hcc -cli 后，返回了这个。 我得到了链接并可以调用帮助文档。 安装成功了吗？

是的，你可以看到有 3 个完成和另一个完成，但你没有捕获它

如何打开 Bam 文件？ 这有点令人困惑。

IGV

这是什么意思？

这是提示信息。 小杰老师说，如果不是错误的话，不用担心。其实看上面的英文直译就可以理解下面的×了。 标题有冲突。 下面解释一下具体的冲突。

我运行了修改颜色匹配的命令，但为什么颜色没有改变？

命令行颜色匹配已更改，但您的可能已被其他操作错误地更改，导致 ls 命令失去颜色。

为什么按 esc 无法退出 vim？

三步

ESC键

:wq

进入

当我想删除我写的代码时，我按下了键，^H出现了。 当我想清屏的时候，我按了ctrl+L，结果是^L。 然后它看起来像这样......我该怎么办？ 直接退出软件吗？

CTRL+C 终止

这几行代码中的 $ 是什么意思？ 最后两行中，$和$是调用程序，但是当我们第一次谈论使用绝对路径时，并没有使用$。 另外文件夹前面还用了$，是什么意思呢？

使用变量时，前面加$。 前四行定义了四个变量，稍后将使用它们。

建索引时出现的sa文件可以删除吗？

不能

你如何解释这里的 name 变量？

像这样探索

【1】运行圈出的部分； 【2】id=【1】的第一个结果； 【3】姓名=${id##*/}; 【4】回声${name}

我刚开始补课，有个问题想请教一下。

外面有单引号，里面不能再有单引号，否则会发生冲突。

这个解压命令表示没有空间。 是因为我的账户下没有空间吗？

是的，它可以在参考基因组服务器上找到。 只需使用服务器上的那个即可。 只要知道怎么下载就可以了。

如何解决这个没有剩余空间的问题呢？

这个需要我们管理员来解决

老师，这个服务器账号的有效期是多长时间？ 我正忙于毕业，错过了很多课程。

两个月

文末友情推广

强烈建议您推荐给身边的博士后和年轻的生物学PI，让他们更多地了解数据，让自己的科研更上一层楼：